Force-Directed Cola Layout: Organize Network Graphs for Better Visualization
Network graphs are powerful visualizations of relationships within datasets. Nodes represent entities, and edges show connections between them. Applications range from social networks and infrastructure mapping to biological systems and cybersecurity analysis. Understanding network graph properties like centrality and clustering reveals valuable insights. Analyzing network graphs helps identify key players, vulnerabilities, and community structures. Tools and algorithms exist for creating, visualizing, and analyzing these graphs, providing crucial data-driven insights across many fields. From identifying influential figures to optimizing infrastructure, network graphs offer a versatile approach to complex data representation.
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<!-- Create a script to initialize the chart -->
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// Create the data for the graph
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"nodes" : [{"group" : "G01","id" : "Id0","name" : "Myriel"},{"group" : "G01","id" : "Id1","name" : "Napoleon"},{"group" : "G01","id" : "Id2","name" : "Mlle. Baptistine"},{"group" : "G01","id" : "Id3","name" : "Mme. Magloire"},{"group" : "G01","id" : "Id4","name" : "Countess de Lo"},{"group" : "G01","id" : "Id5","name" : "Geborand"},{"group" : "G01","id" : "Id6","name" : "Champtercier"},{"group" : "G01","id" : "Id7","name" : "Cravatte"},{"group" : "G01","id" : "Id8","name" : "Count"},{"group" : "G01","id" : "Id9","name" : "Old Man"},{"group" : "G02","id" : "Id10","name" : "Labarre"},{"group" : "G02","id" : "Id11","name" : "Valjean"},{"group" : "G03","id" : "Id12","name" : "Marguerite"},{"group" : "G02","id" : "Id13","name" : "Mme. de R"},{"group" : "G02","id" : "Id14","name" : "Isabeau"},{"group" : "G02","id" : "Id15","name" : "Gervais"},{"group" : "G03","id" : "Id16","name" : "Tholomyes"},{"group" : "G03","id" : "Id17","name" : "Listolier"},{"group" : "G03","id" : "Id18","name" : "Fameuil"},{"group" : "G03","id" : "Id19","name" : "Blacheville"},{"group" : "G03","id" : "Id20","name" : "Favourite"},{"group" : "G03","id" : "Id21","name" : "Dahlia"},{"group" : "G03","id" : "Id22","name" : "Zephine"},{"group" : "G03","id" : "Id23","name" : "Fantine"},{"group" : "G04","id" : "Id24","name" : "Mme. Thenardier"},{"group" : "G04","id" : "Id25","name" : "Thenardier"},{"group" : "G05","id" : "Id26","name" : "Cosette"},{"group" : "G04","id" : "Id27","name" : "Javert"},{"group" : "G00","id" : "Id28","name" : "Fauchelevent"},{"group" : "G02","id" : "Id29","name" : "Bamatabois"},{"group" : "G03","id" : "Id30","name" : "Perpetue"},{"group" : "G02","id" : "Id31","name" : "Simplice"},{"group" : "G02","id" : "Id32","name" : "Scaufflaire"},{"group" : "G02","id" : "Id33","name" : "Woman 1"},{"group" : "G02","id" : "Id34","name" : "Judge"},{"group" : "G02","id" : "Id35","name" : "Champmathieu"},{"group" : "G02","id" : "Id36","name" : "Brevet"},{"group" : "G02","id" : "Id37","name" : "Chenildieu"},{"group" : "G02","id" : "Id38","name" : "Cochepaille"},{"group" : "G04","id" : "Id39","name" : "Pontmercy"},{"group" : "G06","id" : "Id40","name" : "Boulatruelle"},{"group" : "G04","id" : "Id41","name" : "Eponine"},{"group" : "G04","id" : "Id42","name" : "Anzelma"},{"group" : "G05","id" : "Id43","name" : "Woman 2"},{"group" : "G00","id" : "Id44","name" : "Mother Innocent"},{"group" : "G00","id" : "Id45","name" : "Gribier"},{"group" : "G07","id" : "Id46","name" : "Jondrette"},{"group" : "G07","id" : "Id47","name" : "Mme. Burgon"},{"group" : "G08","id" : "Id48","name" : "Gavroche"},{"group" : "G05","id" : "Id49","name" : "Gillenormand"},{"group" : "G05","id" : "Id50","name" : "Magnon"},{"group" : "G05","id" : "Id51","name" : "Mlle. Gillenormand"},{"group" : "G05","id" : "Id52","name" : "Mme. Pontmercy"},{"group" : "G05","id" : "Id53","name" : "Mlle. Vaubois"},{"group" : "G05","id" : "Id54","name" : "Lt. Gillenormand"},{"group" : "G08","id" : "Id55","name" : "Marius"},{"group" : "G05","id" : "Id56","name" : "Baroness T"},{"group" : "G08","id" : "Id57","name" : "Mabeuf"},{"group" : "G08","id" : "Id58","name" : "Enjolras"},{"group" : "G08","id" : "Id59","name" : "Combeferre"},{"group" : "G08","id" : "Id60","name" : "Prouvaire"},{"group" : "G08","id" : "Id61","name" : "Feuilly"},{"group" : "G08","id" : "Id62","name" : "Courfeyrac"},{"group" : "G08","id" : "Id63","name" : "Bahorel"},{"group" : "G08","id" : "Id64","name" : "Bossuet"},{"group" : "G08","id" : "Id65","name" : "Joly"},{"group" : "G08","id" : "Id66","name" : "Grantaire"},{"group" : "G09","id" : "Id67","name" : "Mother Plutarch"},{"group" : "G04","id" : "Id68","name" : "Gueulemer"},{"group" : "G04","id" : "Id69","name" : "Babet"},{"group" : "G04","id" : "Id70","name" : "Claquesous"},{"group" : "G04","id" : "Id71","name" : "Montparnasse"},{"group" : "G05","id" : "Id72","name" : "Toussaint"},{"group" : "G10","id" : "Id73","name" : "Child 1"},{"group" : "G10","id" : "Id74","name" : "Child 2"},{"group" : "G04","id" : "Id75","name" : "Brujon"},{"group" : "G08","id" : "Id76","name" : "Mme. Hucheloup"}]
}
// Create the configuration for the graph
var config = {
"colorNodeBy" : "group",
"graphType" : "Network",
"networkColaAvoidOverlaps" : true,
"networkColaJaccardLinkLengthDefault" : 0.7,
"networkColaJaccardLinkLengths" : 40,
"networkColaStartUnconstrainedIterations" : 50,
"networkLayoutType" : "cola"
}
// Event used to create graph (optional)
var events = false
// Call the CanvasXpress function to create the graph
var cX = new CanvasXpress("canvasId", data, config, events);
</script>
</body>
</html>
library(canvasXpress)
nodes=read.table("https://www.canvasxpress.org/data/r/cX-miserablesG-nodes.txt", header=TRUE, sep="\t", quote="", fill=TRUE, check.names=FALSE, stringsAsFactors=FALSE)
edges=read.table("https://www.canvasxpress.org/data/r/cX-miserablesG-edges.txt", header=TRUE, sep="\t", quote="", fill=TRUE, check.names=FALSE, stringsAsFactors=FALSE)
groups=read.table("https://www.canvasxpress.org/data/r/cX-miserablesG-groups.txt", header=TRUE, sep="\t", quote="", fill=TRUE, check.names=FALSE, stringsAsFactors=FALSE)
canvasXpress(
nodeData=nodes,
edgeData=edges,
groupData=groups,
colorNodeBy="group",
graphType="Network",
networkColaAvoidOverlaps=TRUE,
networkColaJaccardLinkLengthDefault=0.7,
networkColaJaccardLinkLengths=40,
networkColaStartUnconstrainedIterations=50,
networkLayoutType="cola"
)
from canvasxpress.canvas import CanvasXpress
from canvasxpress.plot import show_in_browser
if __name__ == "__main__":
# Define the chart with its data and configuration
chart: CanvasXpress = CanvasXpress(
render_to = "network4",
data = {
"edges": [
{
"id1": "Id1",
"id2": "Id0",
"value": 1
},
{
"id1": "Id2",
"id2": "Id0",
"value": 8
},
{
"id1": "Id3",
"id2": "Id0",
"value": 10
},
{
"id1": "Id3",
"id2": "Id2",
"value": 6
},
{
"id1": "Id4",
"id2": "Id0",
"value": 1
},
{
"id1": "Id5",
"id2": "Id0",
"value": 1
},
{
"id1": "Id6",
"id2": "Id0",
"value": 1
},
{
"id1": "Id7",
"id2": "Id0",
"value": 1
},
{
"id1": "Id8",
"id2": "Id0",
"value": 2
},
{
"id1": "Id9",
"id2": "Id0",
"value": 1
},
{
"id1": "Id11",
"id2": "Id10",
"value": 1
},
{
"id1": "Id11",
"id2": "Id3",
"value": 3
},
{
"id1": "Id11",
"id2": "Id2",
"value": 3
},
{
"id1": "Id11",
"id2": "Id0",
"value": 5
},
{
"id1": "Id12",
"id2": "Id11",
"value": 1
},
{
"id1": "Id13",
"id2": "Id11",
"value": 1
},
{
"id1": "Id14",
"id2": "Id11",
"value": 1
},
{
"id1": "Id15",
"id2": "Id11",
"value": 1
},
{
"id1": "Id17",
"id2": "Id16",
"value": 4
},
{
"id1": "Id18",
"id2": "Id16",
"value": 4
},
{
"id1": "Id18",
"id2": "Id17",
"value": 4
},
{
"id1": "Id19",
"id2": "Id16",
"value": 4
},
{
"id1": "Id19",
"id2": "Id17",
"value": 4
},
{
"id1": "Id19",
"id2": "Id18",
"value": 4
},
{
"id1": "Id20",
"id2": "Id16",
"value": 3
},
{
"id1": "Id20",
"id2": "Id17",
"value": 3
},
{
"id1": "Id20",
"id2": "Id18",
"value": 3
},
{
"id1": "Id20",
"id2": "Id19",
"value": 4
},
{
"id1": "Id21",
"id2": "Id16",
"value": 3
},
{
"id1": "Id21",
"id2": "Id17",
"value": 3
},
{
"id1": "Id21",
"id2": "Id18",
"value": 3
},
{
"id1": "Id21",
"id2": "Id19",
"value": 3
},
{
"id1": "Id21",
"id2": "Id20",
"value": 5
},
{
"id1": "Id22",
"id2": "Id16",
"value": 3
},
{
"id1": "Id22",
"id2": "Id17",
"value": 3
},
{
"id1": "Id22",
"id2": "Id18",
"value": 3
},
{
"id1": "Id22",
"id2": "Id19",
"value": 3
},
{
"id1": "Id22",
"id2": "Id20",
"value": 4
},
{
"id1": "Id22",
"id2": "Id21",
"value": 4
},
{
"id1": "Id23",
"id2": "Id16",
"value": 3
},
{
"id1": "Id23",
"id2": "Id17",
"value": 3
},
{
"id1": "Id23",
"id2": "Id18",
"value": 3
},
{
"id1": "Id23",
"id2": "Id19",
"value": 3
},
{
"id1": "Id23",
"id2": "Id20",
"value": 4
},
{
"id1": "Id23",
"id2": "Id21",
"value": 4
},
{
"id1": "Id23",
"id2": "Id22",
"value": 4
},
{
"id1": "Id23",
"id2": "Id12",
"value": 2
},
{
"id1": "Id23",
"id2": "Id11",
"value": 9
},
{
"id1": "Id24",
"id2": "Id23",
"value": 2
},
{
"id1": "Id24",
"id2": "Id11",
"value": 7
},
{
"id1": "Id25",
"id2": "Id24",
"value": 13
},
{
"id1": "Id25",
"id2": "Id23",
"value": 1
},
{
"id1": "Id25",
"id2": "Id11",
"value": 12
},
{
"id1": "Id26",
"id2": "Id24",
"value": 4
},
{
"id1": "Id26",
"id2": "Id11",
"value": 31
},
{
"id1": "Id26",
"id2": "Id16",
"value": 1
},
{
"id1": "Id26",
"id2": "Id25",
"value": 1
},
{
"id1": "Id27",
"id2": "Id11",
"value": 17
},
{
"id1": "Id27",
"id2": "Id23",
"value": 5
},
{
"id1": "Id27",
"id2": "Id25",
"value": 5
},
{
"id1": "Id27",
"id2": "Id24",
"value": 1
},
{
"id1": "Id27",
"id2": "Id26",
"value": 1
},
{
"id1": "Id28",
"id2": "Id11",
"value": 8
},
{
"id1": "Id28",
"id2": "Id27",
"value": 1
},
{
"id1": "Id29",
"id2": "Id23",
"value": 1
},
{
"id1": "Id29",
"id2": "Id27",
"value": 1
},
{
"id1": "Id29",
"id2": "Id11",
"value": 2
},
{
"id1": "Id30",
"id2": "Id23",
"value": 1
},
{
"id1": "Id31",
"id2": "Id30",
"value": 2
},
{
"id1": "Id31",
"id2": "Id11",
"value": 3
},
{
"id1": "Id31",
"id2": "Id23",
"value": 2
},
{
"id1": "Id31",
"id2": "Id27",
"value": 1
},
{
"id1": "Id32",
"id2": "Id11",
"value": 1
},
{
"id1": "Id33",
"id2": "Id11",
"value": 2
},
{
"id1": "Id33",
"id2": "Id27",
"value": 1
},
{
"id1": "Id34",
"id2": "Id11",
"value": 3
},
{
"id1": "Id34",
"id2": "Id29",
"value": 2
},
{
"id1": "Id35",
"id2": "Id11",
"value": 3
},
{
"id1": "Id35",
"id2": "Id34",
"value": 3
},
{
"id1": "Id35",
"id2": "Id29",
"value": 2
},
{
"id1": "Id36",
"id2": "Id34",
"value": 2
},
{
"id1": "Id36",
"id2": "Id35",
"value": 2
},
{
"id1": "Id36",
"id2": "Id11",
"value": 2
},
{
"id1": "Id36",
"id2": "Id29",
"value": 1
},
{
"id1": "Id37",
"id2": "Id34",
"value": 2
},
{
"id1": "Id37",
"id2": "Id35",
"value": 2
},
{
"id1": "Id37",
"id2": "Id36",
"value": 2
},
{
"id1": "Id37",
"id2": "Id11",
"value": 2
},
{
"id1": "Id37",
"id2": "Id29",
"value": 1
},
{
"id1": "Id38",
"id2": "Id34",
"value": 2
},
{
"id1": "Id38",
"id2": "Id35",
"value": 2
},
{
"id1": "Id38",
"id2": "Id36",
"value": 2
},
{
"id1": "Id38",
"id2": "Id37",
"value": 2
},
{
"id1": "Id38",
"id2": "Id11",
"value": 2
},
{
"id1": "Id38",
"id2": "Id29",
"value": 1
},
{
"id1": "Id39",
"id2": "Id25",
"value": 1
},
{
"id1": "Id40",
"id2": "Id25",
"value": 1
},
{
"id1": "Id41",
"id2": "Id24",
"value": 2
},
{
"id1": "Id41",
"id2": "Id25",
"value": 3
},
{
"id1": "Id42",
"id2": "Id41",
"value": 2
},
{
"id1": "Id42",
"id2": "Id25",
"value": 2
},
{
"id1": "Id42",
"id2": "Id24",
"value": 1
},
{
"id1": "Id43",
"id2": "Id11",
"value": 3
},
{
"id1": "Id43",
"id2": "Id26",
"value": 1
},
{
"id1": "Id43",
"id2": "Id27",
"value": 1
},
{
"id1": "Id44",
"id2": "Id28",
"value": 3
},
{
"id1": "Id44",
"id2": "Id11",
"value": 1
},
{
"id1": "Id45",
"id2": "Id28",
"value": 2
},
{
"id1": "Id47",
"id2": "Id46",
"value": 1
},
{
"id1": "Id48",
"id2": "Id47",
"value": 2
},
{
"id1": "Id48",
"id2": "Id25",
"value": 1
},
{
"id1": "Id48",
"id2": "Id27",
"value": 1
},
{
"id1": "Id48",
"id2": "Id11",
"value": 1
},
{
"id1": "Id49",
"id2": "Id26",
"value": 3
},
{
"id1": "Id49",
"id2": "Id11",
"value": 2
},
{
"id1": "Id50",
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"value": 1
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{
"id1": "Id50",
"id2": "Id24",
"value": 1
},
{
"id1": "Id51",
"id2": "Id49",
"value": 9
},
{
"id1": "Id51",
"id2": "Id26",
"value": 2
},
{
"id1": "Id51",
"id2": "Id11",
"value": 2
},
{
"id1": "Id52",
"id2": "Id51",
"value": 1
},
{
"id1": "Id52",
"id2": "Id39",
"value": 1
},
{
"id1": "Id53",
"id2": "Id51",
"value": 1
},
{
"id1": "Id54",
"id2": "Id51",
"value": 2
},
{
"id1": "Id54",
"id2": "Id49",
"value": 1
},
{
"id1": "Id54",
"id2": "Id26",
"value": 1
},
{
"id1": "Id55",
"id2": "Id51",
"value": 6
},
{
"id1": "Id55",
"id2": "Id49",
"value": 12
},
{
"id1": "Id55",
"id2": "Id39",
"value": 1
},
{
"id1": "Id55",
"id2": "Id54",
"value": 1
},
{
"id1": "Id55",
"id2": "Id26",
"value": 21
},
{
"id1": "Id55",
"id2": "Id11",
"value": 19
},
{
"id1": "Id55",
"id2": "Id16",
"value": 1
},
{
"id1": "Id55",
"id2": "Id25",
"value": 2
},
{
"id1": "Id55",
"id2": "Id41",
"value": 5
},
{
"id1": "Id55",
"id2": "Id48",
"value": 4
},
{
"id1": "Id56",
"id2": "Id49",
"value": 1
},
{
"id1": "Id56",
"id2": "Id55",
"value": 1
},
{
"id1": "Id57",
"id2": "Id55",
"value": 1
},
{
"id1": "Id57",
"id2": "Id41",
"value": 1
},
{
"id1": "Id57",
"id2": "Id48",
"value": 1
},
{
"id1": "Id58",
"id2": "Id55",
"value": 7
},
{
"id1": "Id58",
"id2": "Id48",
"value": 7
},
{
"id1": "Id58",
"id2": "Id27",
"value": 6
},
{
"id1": "Id58",
"id2": "Id57",
"value": 1
},
{
"id1": "Id58",
"id2": "Id11",
"value": 4
},
{
"id1": "Id59",
"id2": "Id58",
"value": 15
},
{
"id1": "Id59",
"id2": "Id55",
"value": 5
},
{
"id1": "Id59",
"id2": "Id48",
"value": 6
},
{
"id1": "Id59",
"id2": "Id57",
"value": 2
},
{
"id1": "Id60",
"id2": "Id48",
"value": 1
},
{
"id1": "Id60",
"id2": "Id58",
"value": 4
},
{
"id1": "Id60",
"id2": "Id59",
"value": 2
},
{
"id1": "Id61",
"id2": "Id48",
"value": 2
},
{
"id1": "Id61",
"id2": "Id58",
"value": 6
},
{
"id1": "Id61",
"id2": "Id60",
"value": 2
},
{
"id1": "Id61",
"id2": "Id59",
"value": 5
},
{
"id1": "Id61",
"id2": "Id57",
"value": 1
},
{
"id1": "Id61",
"id2": "Id55",
"value": 1
},
{
"id1": "Id62",
"id2": "Id55",
"value": 9
},
{
"id1": "Id62",
"id2": "Id58",
"value": 17
},
{
"id1": "Id62",
"id2": "Id59",
"value": 13
},
{
"id1": "Id62",
"id2": "Id48",
"value": 7
},
{
"id1": "Id62",
"id2": "Id57",
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